地下6階はマップ自体がネタバレになっていて、
オートマッピングでも地図は表示されません。
で、攻略のポイントは、シュートで降りた部屋のメッセージの通り、
部屋の数と扉の数
これを奥の装置に入力していくのですが、
そもそも分子構造模型を持っていなければ入力すらできません。
まぁこのアイテムは地下5階で沢山ドロップするので、
ここで使うことも知らずに商店に売却していると思うから、
買い戻せば良い。
それでも謎が解けない場合はこのリンク先に答えが書いてあります。
http://magami.cocolog-nifty.com/blog/2006/09/__d985.html
そこで手に入るアイテムを持ち帰ればクリアです。