たぶん、どんな感じで動かすか、と言うのをきちんと整理しておかないとごちゃごちゃしてくると思うので、

こんな感じのものをサクッと作成しました。

まぁ、フローチャートですわな。

ゲームの状態をステータス(status)で定義し、その状態によってループ処理とか、マウスクリック処理を変えていくように実装させて行く必要があると思います。

ゲーム開始時はstatus=1の状態で始まり、プレイヤーが担当する自治体を選択します。

選択したらゲームスタート。

自分の番が来るまで敵が行動するのですが、その状態がstatus=2です。

で、自分の番が来たらstatus=3に移行。

攻撃対象となる自治体を選択（クリック）します。

その後status=4に移行し、戦闘結果が表示されます。

その後クリックで再びstatus=2に移行し、以後、自治体が残り一つになるまでループします。

最終的に、自治体が残り一つになればstatus=5に遷移してゲーム終了。

とまぁ、サクッと説明しましたが、こういった整理が出来るかどうかで設計能力が問われるわけで。

「このステータスの時」「このイベントが起きると」「このアクションをする」

こんな感じで、図や表なんかに書き出してみると、きれいに整理できたりします。

案外こういうのが解決の近道だったりするので、困ったときは一度立ち止まって整理することをオススメします。